垂仁天皇の時代に創建された神社。古くより高千穂18郷88社の総社として崇められてきた。広い境内には古木が繁り、鎌倉幕府を開いた源頼朝の代参をした畠山重忠が植えたと伝えられる樹齢800年以上の秩父杉が社殿前に現存している。鎌倉後期に作られた珍しい鋳造狛犬は国の重要文化財となっている。

正月三が日は大勢の参拝者で賑わいます。高千穂神社境内の神楽殿では毎日20:00〜21:00に観光神楽が奉納されており、「手力雄の舞」「鈿女の舞」「戸取の舞」「御神躰の舞」が披露されます（観光神楽は有料、一人500円）。