承平5年（935年）創建。平将門・藤原純友の乱の時、九州鎮護のために、京都の石清水八幡宮を勧請して建立したと伝えられる。境内には、朱塗りの桜門や社殿がある。応神天皇・相殿に神功皇后・住吉三神を祀る。毎年9月には約1万7000人が参加し、随兵行列や馬追いなどが行われる例大祭の神幸式が斎行される。

藤崎八旛宮の例大祭で、熊本県内最大級の祭り。御神興や、甲冑姿の随兵などの行列が延々と街を練り歩き、豪華絵巻を展開します。飾り馬や勢子の「馬追い」など、あでやかな祭り化粧や個性豊かな勢子のハッピ姿が楽しめます。