天台宗五箇室門跡の一つ。最澄が比叡山に庵を結んだ時、東塔南谷に一堂を建立したのが起こり。市指定名勝庭園の「有清園」や「聚碧園」、重要文化財の「往生極楽院」、国宝の「阿弥陀三尊像」など多数の見どころを抱える。

懺法というのは自ら知らず知らずのうちにつくった諸悪の行いを懺悔して、お互いの心の中にある「むさぼり・怒り・愚痴」の三毒を取り除き、自分の心をさらに静め清らかにするという、天台宗にとっては最も大切な法要儀式です。三千院の御懺法講は今から約850年前の保元2年（1157年）に後白河天皇が宮中の仁寿殿に於いて宮中御懺法講として行われたのがはじまりと言われています。本来、宮中禁裏や門跡寺院でそれぞれに行われていましたが、途中に幾度か途絶えました。復興して今年で30回目を迎えました。この法要は声明懺法ともいって声明（仏教音楽・お経に全て節が付けられている）と雅楽が合わさって約2時間にわたって古儀にのっとり宮中法会を再現されます。