国の特別史跡・熊本城二の丸公園の一角に、昭和51年に開館した本館と、平成4年に熊本市千葉城町に開館した分館からなる美術館。本館では、考古、絵画、版画、彫刻、工芸、書蹟などが収蔵・展示され、特徴ある装飾古墳室を備えている。分館は主に個展、団体展など作品発表の場として利用されている。2008年4月25日には「細川コレクション　永青文庫展示室」がオープン。国宝や重文を含む数万点に及ぶ永青文庫の所蔵品の一部を常時観覧できる。（約2カ月ごとに展示替え。20〜30点を展示。）

自然の風物や美しい風景をテーマにした東西の絵画・工芸、および日本的美意識をモチーフとした現代絵画などが展示されます。

「細川コレクション　永青文庫展示室」の開館を記念して行われる展覧会。第I部では、中世から熊本藩主を経て、現代に至る細川家歴代の当主や夫人たちの事蹟が紹介され、美術品や古文書など国宝2点を含む約200点（含展示替）が展示されます。第II部では、「大名調度の美」「能面能装束の美」「武具の美」のテーマを設け、由緒ある茶道具や能面・能装束、刀剣・甲冑等の名品が展示されます。