蛍（ほたる）をはじめとした水辺の生物やその生息環境について学習、調査研究が行える施設。施設はほたる館建物と、野外の実験水路、せせらぎ水路から成り、生態水槽やビオトープでの蛍の観察や飼育など、実際に体験しながら学べるようになっている。蛍を通して身近な自然に目を向けることができる。現在、ヘイケボタルの光っている様子を開館時間中、一年中見られるように周年飛翔に取り組んでいる。