元弘元年（1331年）、後醍醐天皇の勅命により空円上人が百萬遍の念仏を唱えたところ、都に広がった悪病が治まったことから ｢百萬遍｣の名前で知られる。賀茂社の神宮寺としての起源を持ち、浄土宗としては珍しく境内に賀茂明神が鎮座する。境内には御影堂、阿弥陀堂、釈迦堂などが建ち並び、その御影堂内を一巡りする巨大な数珠を参詣者が同時に持ち、念佛を唱えながら回す「大念珠繰り」でも知られる。