旧記では、欽明天皇の御代（540年）、慶胤という僧が高千穂峯に近い背門丘に社殿を建てニニギノミコトを祀ったのが始まりとされる。ニニギノミコトは、天照大神から日本を治めよとの命を受け、三種の神器を携えて高天原から降りた。神宮は、その後、たびたび噴火や火災で焼失と再興が繰り返され、正徳5年（1715年）、藩主島津吉貴の寄進によって現在の社殿が建てられた。壮麗な朱塗の本殿などが国の重要文化財に指定されている。