古来、肥後一の宮として知られる。阿蘇開拓の祖神である健磐龍命をはじめ12神を祀る由緒ある神社で、末社は全国450社におよぶ。古式ゆかしい祭礼や神事の数々が今に伝えられており、古くから農業神として厚く尊崇されている。社殿は総けやきの白木造りで独特の阿蘇式と呼ばれ国指定重要文化財に指定されている。また、楼門は神社には珍しい二層の屋根を持つ。境内の縁結びの松が女性に人気が高く、阿蘇神社の森は県民から「熊本緑の百景」の一つに選ばれている。