昔の風格と面影を残す甲賀流忍術屋敷は、元禄年間（約300年前）に建てられ、甲賀武士53家の筆頭望月出雲守の旧宅で、現存する唯一の建物。外観は平屋建ての農家風だが、実は3階建てで内部は忍者の住まいにふさわしく侵入者から身を守るため随所に様々な工夫が凝らされている（縄梯子・落とし穴・回転戸・地下道等）。また、手裏剣をはじめとする武器や道具類等も展示され、忍者が愛飲したという甲賀忍者秘伝の薬草茶（健康茶）が飲める。手裏剣投げ体験や、貸衣装による忍者に変身体験も人気。