琵琶湖の誕生から現在までの生い立ちや、生き物とのかかわりについて楽しみながら学ぶことができる「体験型」の博物館。古代の琵琶湖を原寸大のジオラマで紹介する展示や、ビワコオオナマズをはじめ琵琶湖にすむ様々な生き物たちや、世界の代表的な湖の淡水魚が見られる日本最大級の淡水水族展示などがある。また、図書室、情報利用室なども併設している。

タガメ、ゲンゴロウなどの水生昆虫や食用とされているザザムシ、イナゴ、さらにはムカデ、文化財害虫、虫へんの虫ではない生き物まで、愛情をこめて展示されます。

『ファーブル昆虫記』の最終巻が刊行（1907年）されてから 100年になるのを機会に、フランス国立自然史博物館と日本の自然史系博物館5館との共同で、多くの昆虫や、ファーブルによる昆虫学への影響などを展示する「ファーブルにまなぶ」が開催されます。